O Museu está localizado em Cuiabá, Capital do Estado de Mato Grosso, no Bairro Dom Aquino. E ocupa a parte superior do antigo Prédio do Seminário Nossa Senhora da Conceição desde 8 de novembro de 1977, por um convênio entre a Fundação Cultural de Mato Grosso e a Mitra Arquidiocesana de Cuiabá. O museu está sob a gestão da SECEL – Secretaria de Estado de Cultura, Esporte e Lazer de Mato Grosso via contrato de comodato com a MITRA Arquidiocesana desde 2008 e termo de parceria para gestão compartilhada com a organização Ação Cultural desde 2018.